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 Next Generation Sequencing(NGS)-介绍
 
下一代测序(Next-Generation Sequencing,NGS)也被称为第二代测序(Second-Generation Sequencing)或深度测序(Deep Sequencing)。与第一代Sanger测序法相比,NGS技术具有许多显而易见的优点,如NGS所用的测序文库可在体外进行构建和扩增,而第一代测序技术文库的构建和扩增还依赖于对大肠杆菌的转化和繁殖; NGS技术具有极高的通量,一次运行能获得高达数百G的数据,而第一代测序技术运行一次所获得的数据量还不到1M;NGS技术的测序费用仅是传统测序费用的十万分之一,而且这个比率还在不断降低。正因为上述的这些优势,NGS技术已经取代了第一代测序技术的主导地位,在诸如进化分析、流行病学分析、系统发生学、比较基因组学、微生物多样性、基因表达和功能等许多生命科学研究领域得到了广泛的应用。
 
从具体应用来说,NGS技术已经大规模地应用于转录组测序(RNA-Seq)、 染色体免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)、基因组甲基化测序(Methyl-Seq)、宏基因组测序(Metagenome-Seq)、基因组从头测序(Genome Denovo -Seq)和全基因组的重新测序(genome re-sequencing)等许多方面。
 
目前,主要的高通量测序平台有Illumina的Hiseq和Miseq系列,Life Technologies的Ion PGM和Ion Proton,PacBio的SMRT测序系统,以及新近上市的Oxford Nanopore的MinIon和GridIon系列,其中尤以Illumina公司的Hiseq和Miseq应用最为广泛。
 
虽然商业化的NGS技术仅是在几年前才得以实现,但目前该技术正在以惊人的速度全面地改变着功能基因组学研究的各个方面。平均每周至少有一篇应用NGS技术的文章发表在Nature,Science,或者Cell杂志上。该技术着眼于那些先前受技术和资金的限制而长久以来悬而未决的生命科学问题,通过对这些问题的回答快速改变着我们对于基因组中功能元件的认识和理解。