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BIOPIC博士生曹智杰、狄琳荣获2022年度吴瑞奖学金

  2022年5月29日,2022年度吴瑞奖学金获奖名单揭晓,全国共10名优秀博士研究生获此殊荣。北京大学此次有4人入选,其中生物医学前沿创新中心(BIOPIC)两位博士生曹智杰(高歌课题组)、狄琳(黄岩谊课题组)榜上有名!

曹智杰同学

  曹智杰同学于2017年进入中心高歌课题组开展科研工作,主要研究单细胞组学数据的计算分析方法。博士期间,他开发了单细胞转录组的跨数据集数据整合与检索方法Cell BLAST,利用对抗学习矫正不同数据集之间广泛存在的批次效应,并以此为基础,与实验室魏琳、陆燊、杨德昌同学紧密合作,搭建了多物种、跨平台的单细胞转录组数据库ACA,以及在线数据检索服务。相关研究成果于2020年7月在Nature Communications杂志发表,曹智杰是该论文的的第一作者,该工作也入选了当年度中国生物信息学十大进展。

  此后曹智杰继续挑战计算上更为困难也更具有生物学价值的多组学数据整合问题,开发了一个非配对单细胞多组学整合与调控推断模型GLUE,创新性地提出了图耦联的计算策略,可以实现很高的整合准确性、鲁棒性和计算可扩展性。相关研究成果于2022年5月发表于Nature Biotechnology杂志,曹智杰是该论文的唯一第一作者。GLUE模型可以同时整合单细胞转录组、染色质开放组和DNA甲基化组三种不同组学,在国际上首次实现了百万细胞级别的多组学图谱整合,并进行跨组学调控关系的推断,受到了国内外同行的高度评价。此外,他带领屠鑫明、夏辰睿同学一起参加了人工智能顶会NeurIPS 2021期间举办的单细胞多组学整合竞赛,凭借以GLUE为基础扩展开发的CLUE模型在组学匹配任务中超越全场171支队伍取得了全项第一的好成绩。这一系列工作为单细胞组学数据的整合分析提供了新的工具和思路,对相关领域的生物学研究起到了帮助和促进作用。

狄琳同学

  狄琳同学于2018年正式进入中心黄岩谊课题组开展科研工作,先后在PNAS、Molecular Cell和Nature杂志上以第一作者(包括共同第一作者)身份发表文章。狄琳的主要工作是与BIOPIC谢晓亮实验室、清华大学王建斌实验室、祁海实验室相关研究人员合作,基于Tn5能够作用于RNA/DNA杂交链这一发现开发了新型RNA建库方法SHERRY及SHERRY2,该方法具有操作简便、重复性好、灵敏度高、无GC偏向性等优点,能够覆盖从单细胞到亚微克级别的起始RNA。疫情期间,狄琳在与清华大学王建斌实验室、地坛医院陈晨实验室的合作中,将SHERRY改进并成功应用于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的宏转录组和突变图谱研究中。

  此后,狄琳又与BIOPIC白凡实验室、肿瘤医院吴晨实验室和清华大学王建斌实验室相关研究人员合作,开发了快捷、针对少量细胞显微切割样本的DNA建库方法,并应用此方法绘制了正常人中各个器官的体细胞突变图谱。

  再次祝贺曹智杰、狄琳!

  吴瑞奖学金设立于2008年,被誉为华人生命科学领域在读博士的最高奖项,于2009年首次颁发。吴瑞奖学金旨在鼓励生命科学领域的博士研究生努力将自己塑造成为未来生命科学领域的学术带头人,同时纪念吴瑞教授在培养中国新一代生命科学研究领域杰出人才所做出的卓越贡献。吴瑞奖学金迄今已经颁发百余人次。自2020年起,吴瑞奖学金的奖金额由3000美元/人提高为5000美元/人。