二代测序

       我们提供基于illumina高通量测序系统的二代测序服务。illumina高通量测序系统使用边合成边测序技术(SBS),利用四种荧光标记的核苷酸对流动槽表面的数千万个分子簇进行平行测序,通过对荧光信号的读取和解析,可一次实现千万条核酸分子的序列测定,具有通量大、速度快、成本低、读长短的特点,是目前主流的高通量测序方式。

  我们可提供illumina多款机型的测序服务,建议根据您的测序需求选择:

  NovaSeq 6000测序:

  NovaSeq 6000测序系统是目前通量最高的测序系统,提供了最高性价比的测序。我们提供SP和S4两种模式,分别产出250GB、3T /Run,运行时间1-2天,分别适用一般测序项目和大型全基因组测序项目。

  HiSeq 4000测序:

  HiSeq 4000测序系统使用图案化流动槽技术,提供了快速高效的测序。该测序系统使用8条隔离道(Lane)的流动槽,一次运行3天可产出数据约750G。

  HiSeq 2500测序:

  HiSeq 2500测序系统使用传统非图案化流动槽,适用较长序列文库测序及中低通量快速测序。我们提供快速模式双端PE100及单端SR50测序,产出60G、15G/Run,运行时间约1天。

  NextSeq 500测序:

  NextSeq 500测序系统适合快速、低通量的测序需求,根据所选通量及读长的测序模式,一次运行产生数据量约20-100G。该上机测序服务目前仅面向中心开放,测序试剂由用户自备。

  MiSeq测序:

  MiSeq测序系统每次运行可产生小于15G的数据量,适合快速、微低通量的测序,可用于库检、微生物测序等。该上机测序服务目前仅面向中心开放,测序试剂由用户自备。

  

  以上各款测序系统均在仪器页面提供了详细的仪器参数。请务必仔细阅读后,根据您所需的测序读长、测序通量、运行时间等参数选择适合您的科研项目的高通量测序系统。

  

  如您需要二代测序服务,请确定:

  1. 如您的样品已提交至测序中心进行建库,样品会在建库完成且质检合格后自动进入测序流程,您可以关注QC报告、账单信息及拷取数据的邮件通知;
  2. 如您的样品是已制备完成的文库,请将文库稀释于DNase-Free缓冲液中。如为Qubit定量,浓度稀释为1-1.5ng/ul;如为NanoDrop定量,浓度稀释为2-2.5ng/ul;文库体积不低于20ul,如文库测序通量>100G,则体积不低于30ul;
  3. 如您的样品为PCR-Free文库,Qubit定量浓度不低于3ng/ul,体积不低于20ul;
  4. 请将稀释的文库置于1.5ml低吸附离心管中,并在离心管盖上清晰、准确地标记样品名称,该名称须与《样品上机单》中完全一致;
  5. 请在《样品上机单》中完整、准确地填写每个文库的样品名称、index、测序类型、测序通量、所选测序系统及测序方式等信息。如选择分lane或包lane测序,请您自行安排每条lane中需测的文库,并在备注中注明;
  6. 请您务必仔细核对并正确填写每个文库的index信息,同时确保每条lane中(如选择NovaSeq6000、HiSeq4000、HiSeq2500测序系统)或每个run中(如选择MiSeq、NextSeq测序系统)的文库没有index冲突;如因index冲突造成文库数据无法分出,或index填写错误造成重复数据转换,增加的等待时间与额外费用等损失将由您自行承担;
  7. 为避免因index使用错误导致文库数据无法分出,您自行建库的文库请尽量选择包lane或包run测序;
  8. 定制化上机服务:如您需使用定制测序引物(Custom Sequencing Primers),请提交 经过HPLC纯化 且 浓度100uM,体积20ul以上的测序引物。请注意,不同测序系统对定制引物的使用略有不同,请联系我们做进一步咨询。如您有其他特殊测序需求,请联系我们进行可行性和测序策略商议;

  在收到您的文库后,我们会对文库进行质检,即核酸片段大小(Fragment Analyzer 5200)检测与qPCR定量。如核酸片段大小检测结果显示您的文库中含有游离primer或引物二聚体(primer dimer),或qPCR定量结果显示您的文库浓度过低或过高,您均须将文库做相应处理后重新提交;第二次质检将再次收费,并可能增加文库进入测序流程的等待时间,因此请您仔细制备并按要求提交文库。

  

  文库多样性要求

  请务必确保您的文库具有足够的多样性,多样性不足将导致测序失败!文库的核苷酸多样性(Nucleotide diversity)是指核苷酸A、C、G、T在每一个测序循环中所占的相对比例,核苷酸多样性对优化测序实验与生成高质量测序数据至关重要。illumina测序系统使用测序运行的前25个循环的荧光信号计算生成分子簇:多样性较好的文库可提供A、C、G、T四个通道相对均衡的荧光信号用以参数计算,得到较为准确的单分子簇信号;而多样性较低的文库由于ACGT比例不均衡,在单个测序循环中荧光信号过曝或过低,测序系统无法进行有效的荧光信号分析,会造成测序数据的质量偏低;当碱基不均衡情况严重时,甚至会出现仪器成像失焦,并导致测序失败。因此,文库多样性良好是产出高质量测序数据的必要前提,如您的文库核苷酸多样性较低,请务必提前告知我们,我们会根据经验调整上机情况并建议您掺入一定比例的均衡文库以提高样品多样性。由于文库多样性不足导致的测序失败由您自行承担后果。