基础分析

　　所有测序数据均自动进入基础分析流程，完成后我们将邮件发送QC报告和账单信息，并通知用户携带硬盘拷贝原始数据和基础分析结果。请在收到邮件之后尽快拷贝，并自行及时对数据再次备份，以免丢失原始数据。所有测序数据将免费保存三个月。首次基础分析和拷贝均免费，若发生由于index提供错误而导致的多次基础分析、没有做好备份导致数据丢失需要重新拷贝等情况，我们将酌情收取一定的费用。

　　

　　二代测序数据基础分析

　　二代测序数据基础分析包含数据转换和数据质控两部分。

 

　　数据转换： 此步骤使用illumina官方软件CASAVA将下机的原始数据（per cycle based bcl格式文件）转换为下游分析所需要的fastq格式文件（raw data）。转换bcl文件的同时会根据每个样本的测序index将multiplexed reads从不同或者同一条lane中分出，生成sample对应的fastq， 此demultiplex的过程需要输入正确的samplesheet.csv。

　　数据转换过程中样品Index的准确性至关重要，请您务必检查样品上机单中提供的index是否准确，同时确保每条lane中的样品没有index冲突。

　　如因index冲突造成的样品数据无法分出，或index填写错误造成重复数据转换的额外费用等损失由用户自行承担。

　　

　　数据质控： 此分析对上一步得到的fastq文件（raw data）进行过滤，得到可信度更高的fastq文件（clean data）。过滤去除的数据主要包括以下三项：

1. 带有完整测序接头(adapter)的reads。
2. 当单端测序read中含有的N碱基的含量超过该条read长度比例的10%时，去除此read；当双端测序中有一条read满足此条件，去除此对paired reads。
3. 当单端测序read中含有的低质量（Q值 ≤ 5）碱基数超过该条read长度比例的 50% 时，去除此read；当双端测序中有一条read满足此条件，去除此对paired reads。

　　

　　基础分析完成之后提供给用户的数据包含raw data，clean data，QC report。

 

　　三代测序数据基础分析

　　三代测序数据的基础分析包含数据统计和CCS分析两部分。

 

　　数据统计：Pacbio Sequel II平台的下机数据为bam格式， bam文件可直接适配大多数的下游分析软件，存储有效数据的文件一般命名为* .subreads.bam。 Sequel II在产生subreads的同时对测序数据的质量和数据量进行了统计，我们会在报告中给出这些统计结果。数据统计完成后的分析报告含有Polymerase Reads和Subreads的信息。

　　

　　CCS分析： Pacbio sequel II平台支持CLR（Continuous Long Reads）和CCS（Circular Consensus Sequencing）两种测序方式。 CLR模式适用超长片段文库（> 25 kb），对subreads不再进行后续处理。CCS模式则适用于普通长度片段文库(< 25 kb)，由于测序过程中每条polymerase read中包含同一分子的多条pass信息，通过一致性校正后（intra-molecular consensus），得到一条唯一的read，称为CCS read，这个校正过程会显著提升测序准确率。质量值大于Q20的CCS read称为HiFi read，存放于.hifi_reads.bam文件中，这个文件将用于下游的信息分析。CCS模式为目前最常用的三代测序模式。CCS分析报告会给出HiFi reads的信息。

　　

　　深入分析

　　如果需要进一步分析，请联系我们。目前我们支持的二代测序深入分析项目包括全基因组重测序、转录组测序、ChIP-Seq测序、small RNA测序等多种类型。

　　

　　全基因组重测序分析项目：

• 与参考序列比对
• 统计测序深度及覆盖度
• SNV、InDel、SV、CNV 检测及注释

　　

　　转录组测序分析项目：

• 与参考序列比对
• 基因表达量read count
• 基因表达量均一化RPKM
• 基因差异表达分析

　　

　　ChIP-seq测序分析项目：

• 与参考序列比对
• reads分布及比对结果可视化
• Peak calling

　　

　　small RNA测序分析项目：

• 与参考序列比对
• 对应基因表达量read count
• 数据库注释

　　

　　其他个性化分析请联系我们咨询，我们将根据项目耗时酌情收取相应费用。