首页» 高通量测序中心» 开放服务» 三代建库测序

三代建库测序

  三代测序系统Sequel & Sequel II基于PacBio单分子实时测序技术(SMRT),是目前比较成熟应用的第三代测序技术,具有长读长、一致准确性高、单分子测序等特点, 避免了由于PCR引入的测序bias,且能在测序的同时获得碱基修饰信息。PacBio三代建库是在已打断为一定长度(10-20kb或更长)的双链DNA分子两端连接带有发卡(hairpin)结构的PacBio接头(adaptor),使DNA分子形成“哑铃形”SMRTbell文库。测序时,聚合酶在与荧光标记的碱基作用下发射出荧光信号并被相机(CCD)收集,这一过程在环化的文库上不断重复进行,从而完成测序。

      PacBio Sequel II于2019年问世,与Sequel相比,Sequel II在测序通量与测序准确度方面均有大幅提升;CCS测序模式单张芯片(Cell)可产出数据>250G(插入片段15-20kb),单分子分辨率可达QV20(HiFi read);使用PacBio三代测序可进行全基因组拼接、染色体结构变异分析、甲基化分析、全长转录本及宏基因组测序等。

  

  我们可提供完整的PacBio文库制备及Sequel & Sequel II测序服务。

 

  如您需要三代建库测序服务,请确定:

  1. 您的样品已完成提取与纯化,并溶解在1xEB缓冲液中(10mM Tris-Cl, PH 8.5);样品缓冲液中不可含有二价金属阳离子(如Mg2+)、螯合剂(如EDTA)、变性剂(如胍盐、苯酚)或洗涤剂(如血红素、腐殖酸、多酚)。
  2. 在提交样品时,您须附上琼脂糖凝胶电泳图;如您的样品为基因组DNA,则样品主带应在Lambda Hind III digest DNA marker 最大条带 23kb 以上,且主带清晰无弥散。
  3. 您的样品无RNA污染、无不可溶解的杂质。
  4. 您的样品未经反复冻融、未曾暴露于高温 (>65℃)、过高或过低pH环境 (<6 or >9)、紫外线或荧光染料(如SYBR SAFE)中。
  5. 您的样品纯度须满足以下要求:1)OD260/280比值1.8-2.0;2)OD260/230比值 2.0-2.2。
  6. 提交样品总量为10μg,珍贵样品不低于5ug;浓度不低于200ng/ul,最低量或浓度仅以Qubit检测结果为准。建库有一定风险,在样品量充足的情况下请您按建议量提交样品。上述样品量的要求为一次样品制备所需量,如需多次制备样品,请按照制备次数计算样品总量。

  

  由于三代测序为单分子实时测序,原始样品质量与测序读长、数据产量息息相关,DNA分子上的缺刻(nick)、DNA化学加合物、多糖或蛋白质等物质均有可能影响测序时聚合酶的效用,进而出现测序读长变短,数据产出减少,HiFi reads占比不足等情况;质量较差的样品在建库过程中的回收率较低,可能造成文库无法达到测序所需用量;此外,三代建库无PCR扩增,提供高质量且总量充足的原始样品是获得高质量测序数据的重要前提。我们会对接收的样品进行严格质控,不符合前述送样要求的样品将被退回。